在《半条命3》中，科学家戈登·弗里曼从冰冻中苏醒，发现地球已被联合军彻底占领，人类沦为奴隶。他联合前反抗军领袖爱丽克斯·凡斯，潜入联合军核心基地，试图启动一台能逆转时空的装置。途中，他们遭遇变异生物与机械哨兵的围攻，更发现联合军指挥官华莱士·布林正利用暗物质武器摧毁剩余城市。戈登在零重力环境下与布林展开激战，最终通过量子谐振器引发连锁反应，将联合军传送通道炸毁。地球重获自由，但代价是时空裂缝扩大，未知威胁即将降临。影片以弗里曼凝视裂缝的镜头收尾，为续作埋下伏笔。